马头琴系承揽马头琴、低音马头琴专业教学与研究任务，下设三个教研室：马头琴教学与理论研究教研室，低音马头琴教研室，马头琴艺术实践教研室。

马头琴专业教育在内蒙古艺术学院已有60多年的办学历史，经过几代马头琴艺术大师的不懈努力，得了举世瞩目的成绩。马头琴专业已形成了完整的学科结构，并拥有一流的师资队伍，建立起了完善的教学体系，本学层次大学本科和硕士研究生培养。

一直以来，马头琴专业秉承优良的学术传统和开放的办学理念，培养出了一批批优秀的马头琴表演人才，并在学科建设、人才培养、理论研究和艺术实践等方面成绩显著：出版教材多部，发表学术论文数十篇，音像制品十余种；马头琴系师生在国际、国内的各项重大比赛中荣获奖项多次，其中包括文华艺术院校奖、CCTV民族器乐大赛、金芦笙民族器乐大赛、全国大学生艺术展演活动、内蒙古自治区室内乐大赛、全区马头琴大赛等国家级、自治区级重大比赛中获得大奖。马头琴系的实践团队“内蒙古艺术学院青年马头琴乐团”、青年教师组成的“博德乐”马头琴四重奏乐团，目前作为国内高水平和最具活力的马头琴乐团和马头琴四重奏乐团之一，曾多次受邀赴国内外访问、交流、演出，在国际舞台上展示了马头琴音乐的艺术魅力和人文内涵，是中国传统文化的杰出代表。

近年来，内蒙古艺术学院获批国家艺术基金2019年度艺术人才培养资助项目“蒙古族马头琴音乐传承与教育人才培养”，国家艺术基金2019年度青年艺术创作人才资助项目舞台表演艺术人才“萨切荣贵—马头琴协奏曲音乐会” ，国家艺术基金2024年度艺术人才培养资助项目“蒙古马头琴音乐传承与编创人才培养”，承办“中国·内蒙古首届马头琴艺术节”等国家级项目和国际学术活动，围绕着当代马头琴表演艺术的传承、发展和创新起到了积极的推动作用。