研究生院（学科建设办公室）是在学校党委、行政的领导下，负责学校研究生教育工作的职能部门。

学校研究生教育始于2004年，2019年被确认为硕士学位授予单位，2021年成为内蒙古自治区“十四五”时期博士学位授予单位立项建设高校，2023年获批内蒙古自治区“一流学科”建设高校。

学校现有内蒙古自治区“一流建设学科”1个，有硕士学位授权点6个（艺术学一级学科和音乐、舞蹈、美术与书法、设计、戏剧与影视5个专业学位类别）。截止2024年9月，内蒙古艺术学院在籍硕士研究生551人，其中学术学位研究生85人，专业学位研究生466人。